La historia de la Facultad de Ciencias Puras y Naturales (FCPN) se remonta a los orígenes mismos de la U.M.S.A., el 30 de noviembre de 1830 cuando la Universidad Mayor se San Andrés (UMSA)
Es inaugurada, con las potestades de otorgar los grados menores de profesor, bachiller o licenciado.
En ese entonces existía la Facultad de Matemáticas. Casi un año después, el 13 de agosto de 1831, mediante Ley de la Asamblea General Constituyente, se elevó el rango al de Universidad Mayor de San Andrés, que le confería la potestad de otorgar el grado de doctor.
Entre los siglos XIX y XX primero el gobierno del Presidente de la República, General José Ballivián, entre 1841 y 1847, se enseñaba en la Universidad Mayor de San Andrés, Matemáticas Elevadas, Historia Natural, Física, Química y se otorgaban títulos de Agrimensor, Topógrafo e Ingeniero.
En febrero de 1939, la UMSA se efectuó una Reforma Estatutaria que aprobó y aplicó el plan de reformas propuesto por el Rector Héctor Ormachea Zalles, que estableció la existencia de tres facultades:
Ciencias Biológicas, en la que se integraban el Instituto de Ciencias Biológicas (curso básico común) y las Escuelas de Medicina y Cirugía, Odontología, Farmacia y Bioquímica y de Ciencias Naturales.
Ciencias Sociales, el Instituto de Ciencias Sociales (curso básico común), las Escuelas de Derecho y Ciencias Políticas, la Escuela de Ciencias Económicas y Financieras, la Escuela de Filosofía y Letras.
Ciencias Exactas, El Instituto de Ciencias Exactas (curso básico común), las Escuelas de Ingeniería Civil, Arquitectura, Ingeniería de Minas y Petróleo, Agronomía y Ciencias de Físico-Matemáticas (estas dos últimas no llegaron a funcionar).
El primero de enero de 1952 se iniciaron las actividades del Laboratorio Cósmico de Chacaltaya, cuyas actividades continúan hasta la fecha, tiene 60 años de experiencia la investigación.
El 25 de mayo se procedió a crear el instituto de Ciencias Básicas, en ese momento, sobre la base del Instituto de Ciencias Exactas, mediante la Resolución 00/14/66 de Secretaría General del Rectorado.
Para cumplir con Misión y Visión establecida por la Facultad de Ciencias Puras y Naturales, desarrolla los siguientes procesos: